樊姓的起源主要有二：

    一是出自姬姓，其始祖為周王的后人仲山甫，也有書上稱他為仲山父。仲山甫是輔佐周宣王中興的大臣，深受周王的器重。當時宣王的大臣尹吉甫曾作詩《民》來贊頌仲山甫的功績，這首詩收錄在《詩經》中。周宣王賜他封地于樊，所以他又被稱為樊仲、樊穆仲。樊，也叫陽樊，在今河南省濟源市西南，是樊姓的祖根所在。仲山甫的后裔遂以封地作為自己姓氏。周朝后期由于樊國為晉所滅，仲山甫的后裔子孫流落各地。自戰國至西漢，樊姓有一支遷居到南陽唐河縣湖陽一帶，迅速繁衍成為南陽地區大姓。西漢末年，湖陽樊姓到樊重這一代成為當地有名的豪族。樊重是東漢光武帝劉秀的外祖父。東漢建立后，劉秀先后封樊宏、樊丹、樊尋、樊忠、樊茂五人為侯，并追封樊重為壽張敬侯。樊宏的長子樊精通儒學，授徒三千，時人稱為樊侯學。到漢明帝永平年間，湖陽樊姓與外戚郭、陰、馬姓掌握了東漢朝政大權，并稱為“四大姓”。西晉永嘉年間湖陽樊姓宗族為避戰亂南遷于淮南一帶。湖陽樊姓樊宏的后人樊僧遠，則舉家遷于今江西廬江定居，為廬江樊姓的始遷祖。到隋唐的時候，湖陽樊姓樊宏的后人樊詠遷居到河中府河東縣(今山西永濟)。

    另有湖陽樊姓后人樊思賢遷居于湖北江陵，為江陵樊姓始遷祖。宋元時期，樊姓子孫為避戰亂，很多人由北方遷到浙江、江蘇、安徽等地居住。到明清兩代樊姓子孫或躲戰亂，或旅居異鄉，或做官外任而散播到南北各地，成為我國分布比較廣泛的姓氏。