之后千余年間,興教寺幾度枯榮,歷盡滄桑。新中國成立后,政府兩次撥款整修。現興教寺主要建筑有:山門、鐘鼓樓、大雄寶殿、法堂、禪堂、藏經樓等。
至于玄奘靈骨,一般認為唐末天下大亂,為求保全,寺僧將靈骨從興教寺帶到終南山紫閣寺內安葬。到了趙宋端拱元年(988年),金陵天禧寺的住持來到此地,在廢寺危塔中發現了玄奘的頂骨,千里背負至天禧寺供奉。明洪武十九年(1386年),寺僧將法師頂骨由天禧寺東崗遷至南崗,建三藏塔安奉。清咸豐六年(1856年),該寺毀于戰火。
時光飛逝至1943年12月,侵占南京的日軍在施工中,從三藏塔遺址中發掘出裝有玄奘頂骨的石函,日方將頂骨分為三份:一份在南京玄武湖畔小九華山建成磚塔供奉;一份由當時的北平佛教界迎至北平供奉;一份即存于南京雞鳴寺山下當時的汪偽中央文物保管委員會。其中第三份靈骨于1945年由南京佛教界請到毗盧寺供奉,在1963年為舉行玄奘圓寂一千三百年紀念法會上,又將頂骨奉迎至棲霞寺。之后“文革”開始,南京市佛協將這份頂骨送至市文管會保存。1973年,南京靈谷寺修復開放,將這份頂骨從文管會請回供奉,寺內專設玄奘法師紀念堂,紀念堂正中心設13層密檐楠木塔,玄奘法師靈骨即安奉于此。
當時被送往北平的那一份靈骨,后來經歷了較多的分送與遷徙過程。首先,被日本人分出一部分迎往日本,輾轉供奉于東京多處寺院。其間,1955年11月,應臺灣佛教界之請,日方又分送一小塊靈骨赴臺,供奉在日月潭畔的玄奘寺慈恩塔內。留在北平的一部分靈骨,又分送國內四處道場供奉。1956年印度總理尼赫魯訪問我國,提出禮請玄奘頂骨一事,后經周恩來總理同意,將供奉在天津大悲院的一份,由達賴喇嘛護送,在印度那爛陀寺玄奘學院建紀念堂供奉。1998年9月,南京靈谷寺分贈1顆玄奘頂骨舍利給臺灣新竹玄奘大學供奉。2003年11月21日,為紀念玄奘誕辰1400周年,西安大慈恩寺又從南京靈谷寺迎請玄奘法師頂骨舍利安奉于新建的玄奘三藏院的大遍覺堂。
然而,近年來有十余位陜西學者一致認為,實際上葬于長安興教寺的玄奘墓塔從未被發掘過。從唐宋元明清至民國,歷代對寺院重修的記載甚多,但寺塔始終完好保存,其遺骸仍埋藏于興教寺內。事實情況到底如何,還有待學術界進一步的研究。【原標題:玄奘靈骨今何在】