宋天下“如人有重病，內(nèi)自心腹，外達(dá)四肢，無(wú)一毛一發(fā)不受病者”，提出“輔翼太子，選任大臣，振舉綱紀(jì)，變化風(fēng)俗，愛(ài)養(yǎng)民力，修明軍政”六策。朱熹進(jìn)言殷切,觸及當(dāng)政權(quán)臣的利益,受到他們彈劾為“假道學(xué)”，被貶任西京嵩山崇福宮的閑職。

    淳熙十六年十一月，南宋朝廷為了拉攏人心,詔命朱熹為漳州知府。紹熙元年(1190)四月，朱熹抵漳州上任。據(jù)《福建通志》載：當(dāng)時(shí)的漳州社會(huì)也較混亂，出現(xiàn)官豪交結(jié)，謀敲財(cái)物，恃強(qiáng)凌弱，欺壓善良，奸盜訟斗，好佛嬉頑的現(xiàn)象。朱熹到任后，教化厲治，嚴(yán)整弊俗，把“篤意學(xué)校，力倡儒學(xué)，”作為改變漳郡“俗未知禮”的方略。為辦好學(xué)校，朱熹請(qǐng)漳邑名士，“入學(xué)為師表率。”朱熹自己則定期赴校視事講學(xué)，“每五日一詣學(xué)，為諸生講說(shuō)；”“每旬二日必領(lǐng)學(xué)官下州學(xué)，六日下縣學(xué)。”漳州學(xué)風(fēng)為之一新。同時(shí)，朱熹還“奏除屬縣無(wú)名之賦七百萬(wàn)，減輕總制錢(qián)四百萬(wàn)。以習(xí)俗未知禮，采古喪葬嫁娶之儀，揭以示之，命父老解說(shuō)，以教子弟。土俗崇信釋氏，男女聚僧廬為傅經(jīng)會(huì)，女不嫁者為庵舍以居，熹悉禁之。”（《宋史—朱熹傳》）因此，漳州郡民由“好佛”而“崇儒”，由“嬉頑”而“習(xí)禮”，社俗民風(fēng)趨向嚴(yán)整。紹熙二年四月末，朱熹離任返建陽(yáng)時(shí)，漳郡父老于“芝山之陽(yáng)，建朱子祠，”祀頌朱熹德政。朱熹離開(kāi)漳州后先居建陽(yáng)，又移居考亭，建竹林精舍(后更名滄洲精舍，即由理宗御書(shū)的“考亭書(shū)院”)聚徒講學(xué)。

    紹熙五年，朱熹出任湖南安撫使時(shí)再次到潭州（今長(zhǎng)沙）。他重整岳麓書(shū)院，聘請(qǐng)黎貴臣等名流為教師，貫徹他的教學(xué)思想，把《白鹿洞書(shū)院揭示》頒布于岳麓書(shū)院，并擇地重建書(shū)院。置學(xué)田50頃，向皇帝乞賜九經(jīng)御書(shū)，安排齋舍、招生、幾案、床榻等。岳麓書(shū)院在朱熹的整頓下日益興盛，求學(xué)者日益增多。

    慶元元年(1195)寧宗即位后，任命朱熹復(fù)為侍講(皇帝的老師)。韓侂胄自以為擁立寧宗有功把持朝政，擅權(quán)弄國(guó)。朱熹上疏寧宗，斥責(zé)韓侂胄一黨擅權(quán)誤國(guó)。寧宗袒護(hù)韓侂胄，在朱熹的奏章上御批：“憫卿耆艾，恐難立講，已除卿宮觀。”朱熹任侍講僅46天，就被罷免。不久，韓侂胄誣逐趙汝愚后為相，更是大權(quán)獨(dú)攬。韓侂胄一黨大力排斥道學(xué)，慶元二年監(jiān)察御史沈繼祖誣造十大罪狀，彈劾朱熹。慶元五年，朱熹年老獲準(zhǔn)辭職。他遷居福建崇安縣五夫鎮(zhèn)紫陽(yáng)樓著書(shū)，講學(xué)。“自熹去國(guó)，侂胄勢(shì)益張。”朝野之間，掀起了一股反“偽學(xué)”的逆風(fēng)。太常少卿胡纮為首上書(shū)朝廷，說(shuō)：“比年偽學(xué)猖獗，圖為不軌，望宣諭大臣，權(quán)住進(jìn)擬。”“右諫議大夫姚愈論道學(xué)權(quán)臣結(jié)為死黨，窺伺神器。乃命直學(xué)士院高文虎草詔諭天下，于是攻偽日急，選人余嘉至上書(shū)乞斬熹。”（《宋史—朱熹傳》）朱熹學(xué)派的官員都受到打擊，或流放或坐牢，歷史上稱(chēng)之為“慶元黨禍”。

    朱熹自進(jìn)士登第入仕以來(lái)，前后50多年，為官僅9年，在朝46天，其余時(shí)間都是講學(xué)傳道，著書(shū)立說(shuō)。朱熹所建立的理學(xué)思想體系與“二程”的河洛理學(xué)概念比較接近，因此有“程朱理學(xué)”之并稱(chēng)（也有學(xué)者認(rèn)為是程頤與朱熹的合稱(chēng)）。但是，朱熹所建立的理學(xué)思想體系是在對(duì)周敦頤的“太極”說(shuō)、邵雍的象數(shù)學(xué)、張載的氣化論乃至程顥的心性論做了綜合性的吸收的基礎(chǔ)之上，集諸家之成就，確立自己的理學(xué)思想體系的。朱熹認(rèn)為“理”是生物之“本”，而“氣”是生物之“具”。因此，他的哲學(xué)又被學(xué)者們稱(chēng)作是理本論。在朱熹看來(lái)，“理”與“氣”是完全統(tǒng)一的，而且貫穿于“天地鬼神之變”、“人倫日用之常”乃至“鳥(niǎo)獸草木之宜”等所有存在當(dāng)中。“變”、“常”和“宜”所表現(xiàn)出來(lái)的都是自然變化中的一種生命目的，這就是“太極”之理，即生理。這與孟子的“天地以生物為心，而所生之物，因各得夫天地生物之心以為心，所以人皆有不忍人之心也”是不謀而合的。在理氣關(guān)系問(wèn)題上，朱熹強(qiáng)調(diào)理是本、是體；氣是末，是用。“事物又為體，而其理之發(fā)見(jiàn)者為之用。”（《朱文公文集—答呂子約》）這樣，陰陽(yáng)之氣成為造化之本，而理只能依附于氣而發(fā)生作用。所以朱熹認(rèn)為一方面人作為氣化產(chǎn)生的形而下的存在，有身體、情感、欲望、知覺(jué)等等復(fù)雜的內(nèi)容；另一方面，作為存在之本、價(jià)值之源的“性理”，同時(shí)是人的最本質(zhì)存在，也是人生的最高目的、價(jià)值。這樣就確立了朱熹的儒學(xué)心性論的道德的形而上學(xué)的理論基礎(chǔ)。在朱熹所確立的心性論同樣是以性為形而上的本質(zhì)存在，以心為形而下者，二者是橫向攝取的認(rèn)知關(guān)系。朱熹認(rèn)為“性即理”。“性”內(nèi)在于人就是人的心之本體，而“本心”就是人的本體存在，是超越的、絕對(duì)的普遍人性，是道德主體自律原則的內(nèi)在依據(jù)。他主張人心必須絕對(duì)地服從于道心，強(qiáng)調(diào)道德理性的主導(dǎo)作用；既以“存天理，滅人欲”，完成道德自我的回歸。

    慶元六年（1200）農(nóng)歷三月，朱熹逝世。嘉定二年（1209年），宋寧宗謚封朱熹為“文公”；寶慶三年（122